Subsurface 在主世界和下界添加了 11 个新的洞穴生物群系。Subsurface 洞穴生物群系可以在其他原生洞穴生物群系内部生成，创建混合洞穴生物群系，并且与几乎所有其他数据包/模组兼容。

洞穴生物群系

冰柱洞穴

冰柱洞穴可以在雪地非山地生物群系下生成。它们在天花板和地板上包含冰柱，以及冰补丁，如果它们替换了深板岩，则有蓝色冰。这个洞穴生物群系中的含水层被冻结。放置火把时要小心，因为它们可能会融化冰并冲走火把。

沙洞穴可以在沙漠生物群系下生成。它们包含沙子和砂岩补丁。一些沙子会漂浮生成，所以要小心不要导致洞穴坍塌。

沼泽洞穴可以在沼泽和红树林沼泽生物群系下生成。它们包含蘑菇、枯死的灌木丛、藤蔓、粘土、泥土、水和各种滴水叶的补丁。这个洞穴生物群系中的含水层有睡莲和海草补丁。

地下森林可以在生成橡树的生物群系下生成。这里的地面覆盖着草，它们包含蘑菇、藤蔓、粗泥补丁和橡树。叶子上会生成发光苔藓。

珊瑚洞穴可以在温暖海洋生物群系下生成。它们只存在于含水层和水洞穴中。它们包含珊瑚、海带和海草。

树叶洞穴可以在丛林生物群系下生成。这里的地面覆盖着草和蕨类植物。丛林灌木丛、丛林树、巨型丛林树和竹子在这里生成，洞穴在大洞穴的天花板上包含蘑菇、藤蔓和发光苔藓。这个洞穴生物群系中的含水层由泥土制成，并有海草补丁。靠近地表生成的洞穴可以有天窗。

真菌洞穴可以在蘑菇岛生物群系下生成。这里的地面覆盖着菌丝，以及大小蘑菇。这个生物群系还包含悬挂的蘑菇根、墙壁蘑菇和发光苔藓补丁。

台地洞穴可以在台地生物群系下生成。它们包含红沙和红砂岩补丁。彩色陶土在这里生成，以及陶土高原。

地下针叶林可以在生成云杉树的生物群系下生成。这里的地面覆盖着草和蕨类植物，它们包含蘑菇、藤蔓、粗泥补丁、云杉树、巨型云杉树、甜浆果、南瓜和苔藓圆石。叶子上会生成发光苔藓。

灵魂峡谷在下界的荒地和灵魂沙谷中生成。这里的地面覆盖着灵魂沙和灵魂土。它们包含下界疣、灵魂火、化石、巨型下界疣，以及天花板上的垂泪藤蔓和下界疣块。

石英峡谷在下界的绯红森林和扭曲森林中生成。它们包含巨大的石英晶体，周围的地狱岩中可以找到石英矿石。