Pixelmon 将《宝可梦》的许多方面添加到了《我的世界》中，包括宝可梦本身、战斗、交易和繁殖。Pixelmon 还包含了各种各样的新物品，包括像精灵球和技能机器这样的重要物品，像铝土矿和杏果这样的新资源，以及像椅子和时钟这样的新装饰方块。
对于这些功能的大部分，Pixelmon 试图尽可能紧密地匹配《宝可梦》游戏的机制，包括与第八世代《宝可梦》游戏中的战斗机制相匹配的战斗机制。然而，Pixelmon 的一些方面是原创的并且偏离了游戏，例如一个繁殖机制，其中宝可梦需要它们周围有一个合适的环境才能繁殖。
Pixelmon 不使用“随机遭遇”方法（例如，高草丛、洞穴）来遇到宝可梦。相反，它们在主世界中自然生成，玩家可以与它们进行战斗。默认情况下，当安装 Pixelmon 时，普通的《我的世界》生物会被禁用并且不会生成，但是可以通过编辑 Pixelmon 的配置文件来启用它们。
精灵球可以在宝可梦商店（会在城镇中生成）中用宝可梦币购买，就像在游戏中一样。也可以用杏果和铁制作精灵球。
大多数物品，包括药品、携带物品和技能机器，可以从几个不同的来源获得： 制作某些物品。 宝可梦战利品箱，其作用与《宝可梦》游戏中装满物品的精灵球相同。 击败 boss 宝可梦，超级进化的野生宝可梦，它们的等级总是比玩家的宝可梦高几级。 捡拾特性，其收集物品的方式与《宝可梦》游戏中相同。 宝可梦商店，它可以出售药品和技能机器。
Pixelmon 的设计使得玩家和服务器可以选择并创建自己的目标，无论这意味着完成宝可梦图鉴、在玩家对战中获胜，还是完全不同的另一个目标。Pixelmon 中没有固定的道馆进程，但服务器可以选择通过使用 NPC 训练师或玩家作为道馆馆主来实现此功能，如果服务器希望将徽章作为成就标志使用，那么 Pixelmon 中也会存在徽章。